In de eerste aflevering zien we de voorbereidingen voor de grote tocht, waarin de makers de wereld met dezelfde nieuwsgierigheid gaan onderzoeken als Charles Darwin.
Deze aflevering komt geheel van zee. Na het vertrek uit Plymouth is de rust weergekeerd en buigen de opvarenden zich over het hoofdprobleem van de serie: Is de mens bezig het leven op aarde te vernietigen of is dit sterk overdreven?
In de vierde aflevering van Beagle, in het kielzog van Darwin vaart de Clipper Stad Amsterdam naar Kaapverdië. Het was de eerste keer dat Darwin voet aan wal zette sinds zijn vertrek uit Plymouth.
De Clipper Stad Amsterdam maakt de oversteek naar Zuid-Amerika. Dwars de oceaan over, 1255 zeemijl van Kaapverdië naar Fernando de Noronha voor de Braziliaanse kust.
De Clipper Stad Amsterdam is aanbeland in Fernando de Noronha, voor de Braziliaanse kust. In de loop van de tijd heeft dit 'goddelijke eiland' een ware metamorfose ondergaan.
De Clipper Stad Amsterdam aanbeland in Salvador de Bahia, Brazilië. Het is de plek waar Charles Darwin voor het eerst kennismaakte met de 'overweldigende tropen'.
De Clipper Stad Amsterdam verlaat Rio de Janeiro. Destijds maakte Darwin in Brazilië kennis met het gruwelijke verschijnsel slavernij. Hij was opgelucht het land te kunnen verlaten.
In de tiende aflevering van Beagle, in het kielzog van Darwin, vaart de Clipper Stad Amsterdam van Montevideo naar Buenos Aires. Werd Darwin hier verliefd?
De Clipper Stad Amsterdam vaart van Buenos Aires naar Bahia Blanca. Het is een traject dat Charles Darwin zelf vooral ook op land verkende. Onderweg vond hij een aantal intrigerende fossielen van uitgestorven soorten: een reuzenluiaard, een gigantisch gordeldier.
In de dertiende aflevering van Beagle, in het kielzog van Darwin, vaart de Clipper Stad Amsterdam van Puerto Madryn naar Punta Arenas. Destijds stond Darwin versteld van het dierenrijk dat hij in zee aantrof.
In aflevering 14 vaart de Clipper Stad Amsterdam in de Straat Magellaan en maakt Sarah Darwin een reis door Vuurland. De kapitein van de Beagle, Robert Fitzroy, had op een eerdere wereldreis met de Beagle vier Vuurlandse indianen mee naar Engeland genomen om hen te 'beschaven'.
In Deel 15 van Beagle, in het kielzog van Darwin vaart de Clipper Stad Amsterdam langs de zuidpunt van Zuid-Amerika. Het is een gebied vol legendarische namen: Kaap Hoorn, Straat Magellaen en het Beaglekanaal.
In de zeventiende aflevering van Beagle, in het kielzog van Darwin is de Clipper Stad Amsterdam onderweg naar Valparaiso, Chili. De plek waar Charles Darwin in 1835 een van de zwaarste aardbevingen ooit meemaakte.
In deel 18 van Beagle, in het kielzog van Darwin is de Clipper Stad Amsterdam op weg naar Callao, vlakbij de Peruaanse hoofdstad Lima. Aan boord is klimaathistoricus Gregory Cushman, gespecialiseerd in het indrukwekkende natuurverschijnsel dat bekend staat als El Niño.